Университет, ставший первым высшим мусульманским учебным заведением ислама в России и подготовивший более тысячи имам-хатыбов для приходов в мусульманских общинах по всей России и на территории стран СНГ, на протяжении всей своей истории неразрывно связан с наукой. Специфика научных исследований, проводимых в университете, отражена в поиске путей внедрения и актуализации исламской нравственности в духовных образовательных организациях. Особое место среди научных исследований занимает реализация Федеральной целевой программы подготовки специалистов с углубленным знанием истории и культуры ислама, реализация которой будет способствовать повышению научно-методического уровня преподавателей университета и выведет исламское образование на качественно более высокий уровень.
За время существования университета трудом его профессорско-преподавательского состава и сотрудников были подготовлены учебные пособия, монографии, хрестоматии и научные статьи. Преподаватели, сотрудники и студенты университета объединяют свои научные искания во время семинаров, конференций и форумов, проводимых в стенах вуза. Ежегодно проводится 2 масштабные конференции: «Идеалы и ценности ислама в образовательном пространстве XXI века», «Камалийские чтения» и регулярные и нерегулярные научно-практические, научно-методические семинары.
Также перед университетом стоит задача повышения качества издательской деятельности Научного управления.
Продуктивная научно-исследовательская деятельность, в которую вовлечены университетские преподаватели и студенты, формирует особый тип мышления и качества личности.
 
Общими задачами НУ РИУ ЦДУМ России являются:

— обеспечение высокого уровня фундаментальных, прикладных исследований, инновационных разработок, предполагающих интеграцию теологической и других отраслей науки, образования и практики, а также формирование исследовательских компетенций специалистов;
— определение направлений развития научных исследований в системе духовного образования и науки и, в частности, в РИУ ЦДУМ России;
— методическое сопровождение и участие в формировании проблематики научно-исследовательской деятельности сопряженной с учебными задачами РИУ ЦДУМ России;
— содействие повышению научной квалификации студентов, преподавателей и сотрудников РИУ ЦДУМ России;
— содействие укреплению конкурентоспособности РИУ ЦДУМ России в системе духовного и в целом высшего профессионального образования;
— экспертно-аналитическая работа в сфере научных изысканий.

Основными задачами НУ в области научно-исследовательской деятельности являются:

— научно методическое сопровождение, контроль планирования и организации научно-исследовательской деятельности на кафедрах и факультетах РИУ ЦДУМ России;
— содействие в реализации научных исследований в учебном процессе в РИУ ЦДУМ России;
— участие в организации предметных олимпиад, научно-практических конференций, семинаров по актуальным проблемам современной науки;
— организация университетских конкурсов научно-исследовательских работ и проектов (внутривузовские гранты, конкурсы молодежных, инновационных, научно-исследовательских проектов и т.д.);
— информирование об основных научно-исследовательских конкурсах, организованных различными международными, российскими и республиканскими фондами, консультирование профессорско-преподавательского состава вуза по вопросам оформления заявок;
— координация программ научно-методического сотрудничества подразделений вуза с образовательными учреждениями Республики Башкортостан и Российской Федерации;
— контроль и методическое сопровождение плановой научно-исследовательской работы студентов в НУ РИУ ЦДУМ России (в выполнении курсовых работ, выпускных квалификационных работ, в написании научных работ), привлечение студентов к научным исследованиям и их активизация, участие в отборе кандидатов для поступления в магистратуру и аспирантуру;
— Содействие деканатам факультетов и кафедрам в организации работы молодежных научных обществ факультетов;
— подготовка информации для заседаний Ученого совета, ректората.